Xã Mỹ Yên nằm ở phía đông nam huyện Bến Lức. Về địa giới hành chính, phía đông giáp xã Bình Chánh (huyện Bình Chánh); phía đông nam giáp xã Phước Lý (huyện Cần Giuộc); phía đông bắc giáp xã Tân Bửu - Tân Túc (huyện Bình Chánh); phía tây bắc giáp xã Thanh Phú và phía tây nam giáp xã Phước Lợi, Long Hiệp. Xã Mỹ Yên có tổng diện tích tự nhiên là 936,61ha với 8 ấp (từ Ấp 1 đến Ấp 6 và Ấp 7A, 7B), gồm 2.579 hộ dân với hơn 11.000 nhân khẩu.